AJ tiene como propósito que los alumnos, a través del trabajo en equipo, desarrollen y fortalezcan habilidades que les permitan ser competentes en el manejo armónico de las relaciones personales y emocionales. Para esto, el programa reconoce que no basta con reunir a los alumnos en grupos, sino que es necesario promover explícitamente estrategias de comunicación e interacción. Estas estrategias están encaminadas a generar un clima de cooperación en donde los niños aprenden a criticar las ideas más que a las personas, a coordinar esfuerzos con los demás para poder realizar una actividad, así como a extender y socilizar el interés personal de manara que este sea también colectivo.

El trabajo colaborativo tiene efectos positivos en el aprendizaje y representa un sistema de apoyo social para los alumnos. Dentro de este se puede manejar la resolución de conflictos a través de interrelaciones positivas y el desarrollo de un sentido de responsabilidad compartida. Además, cuando se trabaja de forma colaborativa se pueden hacer explícitas muchas ideas que de otra manera no se harían, promoviéndose una forma social de pensar que invita a la reflexión conjunta, así como a la construcción social de los saberes culturales.